После поступления дела в суд - перестают работать сроки, которые установлены в ходе следствия.

Начинают действовать другие сроки

На судебной стадии правила о сроках содержания под стражей (установленные статьей 255 УПК) - гораздо мягче чем на следствии (установленные статьей 109 УПК).

- сразу после поступления дела начинается 6 месячный срок (ч.3 255 УПК). Как видите, суду не о чем особо волноваться, в отличие от следователя - у судьи сразу впереди целых полгода. Только по истечении этого срока перед ним встанет вопрос о продлении срока. По большинству дел этого вполне хватает.

Изменение меры пресечения судом

- изменять меру пресечения до истечения сроков суд может на основании 110 УПК, но на практике это крайне редко происходит (если суд и отпускает из-под стражи, то в основном по медицинским причинам).

Течение срока с момента поступления дела

Важное разъяснение дано в п.34 Пленума № 41 "в случае, когда на момент поступления уголовного дела в суд обвиняемый содержится под стражей, течение 6-месячного срока начинается в день поступления уголовного дела в суд, а не в день рассмотрения судом вопроса о мере пресечения в виде заключения под стражу или окончания срока содержания под стражей по предыдущему судебному решению".

- это разъяснение полностью снимает все вопросы по срокам: все ясно - поступило дело в суд, начался 6-мес. срок.

Да, возможно

- хотя, по общим правилам запрещено обжаловать в кассационном порядке любые досудебные решения после того как дело передано в суд (п.4 Пленума № 19).

- но решения о применении (и продлении) заключения под стражу, домашнего ареста можно обжаловать независимо от того где находится дело, у следователя, прокурора или уже в суде (второй абзац того же п.4 Пленума № 19).

Повторность участия, если судья заключал под стражу

По логике (очевидной для всех) если судья принимал решение о заключении под стражу, то он уже связан своими выводами, он уже пристрастен. Ясно что такой судья не при каких обстоятельствах не станет выносить оправдательный приговор (это все равно что выстрелить себе в ногу). Но эта простая и справедливая логика в уголовном процессе не работает.

а) норма 63 УПК не содержит такого запрета.

б) есть прямые разъяснения Верховного суда, где указано, что повторное участие судьи избравшего меру пресечения при дальнейшем рассмотрении дела возможно, ознакомьтесь с п.59 Пленума N 41.  

в) Судебная практика полностью это подтверждает. Предпринимались неоднократные попытки использовать норму ч.2 61 УПК, которая упоминает, что основанием невозможности участия в деле может быть "иная заинтересованность в исходе дела". Но в таких жалобах всегда был отказ.

Так что, эта ситуация не подпадает под п.2 ч.2 389.17 УПК (незаконный состав суда).

Проверка причастности

- относительно формулировок о причастности, судья обязан при избрании меры пресечения проверять причастность (п.2 Пленума N 41). Эта фраза типовая, во всех делах одинаковая и для судьи совершенно обязательная. Не будь ее, судебное решение подлежит отмене (прямо указано в п.2 Пленума N 41).

ИТОГО: нарушения в законности состава суда в Вашем случае нет (я поддерживаю Ваше мнение, что это несправедливо, тоже так считаю, но это только наши мнения).